De acordo com o Ministério Público, Longo, que era padrasto de Joaquim, teria aplicado uma alta dose de insulina no menino, que era diabético. Após a morte, ele teria jogado o corpo da criança em um córrego. O padrasto é acusado de homicídio triplamente qualificado, por motivo fútil, meio cruel e recurso que impossibilitou a defesa da vítima. Já Natália é acusada de omissão, já que segundo a acusação, ela tinha conhecimento do comportamento agressivo de Longo e poderia tê-lo afastado do convívio com a criança.
Para entender melhor o caso, é necessário relembrar o ocorrido. Natália, que é psicóloga, conheceu Longo em uma clínica de reabilitação em Ipuã, na região de Ribeirão Preto, onde trabalhava. O casal começou a se relacionar e em janeiro de 2013 foram morar juntos. Joaquim tinha três anos de idade. Segundo informações do Ministério Público, Longo voltou a usar drogas após o nascimento do filho do casal e demonstrava um comportamento agressivo por ciúmes de Natália.
No dia 5 de novembro de 2013, a família procurou a polícia para relatar o desaparecimento de Joaquim. Na ocasião, Natália e Longo disseram que acordaram e não encontraram o menino em casa. O corpo da criança foi encontrado cinco dias depois no rio Pardo, em Barretos, cidade próxima a Ribeirão. Segundo a investigação da Polícia Civil, na noite anterior ao desaparecimento, Joaquim estava no quarto com a mãe, o padrasto e o irmão recém-nascido. Enquanto Natália dormia com o bebê, Longo ficou irritado com o choro de Joaquim e o levou para o quarto ao lado, onde teria injetado uma superdosagem de insulina na criança. Após perceber que o menino estava morto, ele teria jogado o corpo no córrego Tanquinho, próximo à casa da família.
Natália foi presa por omissão, mas posteriormente foi liberada e responde ao processo em liberdade. No entanto, segundo a acusação, ela tinha conhecimento do comportamento agressivo de Longo e chegou a dizer que sofreu ameaças de morte por parte dele. Já Longo foi preso na Penitenciária 2, em Tremembé (SP), desde 2018, quando foi extraditado pelo governo espanhol. Antes disso, ele havia fugido para a Europa em 2016, após passar três anos preso preventivamente.
