Até o momento, o Ministério Público Militar não foi acionado formalmente para atuar na apuração. No entanto, as investigações devem ser concluídas em 40 dias, podendo ser prorrogadas para mais diligências. O Exército informou que a investigação está em curso e sob sigilo.
De acordo com o general Montenegro, durante uma conferência realizada no AGSP no dia 10 de outubro, foi constatada a falta de armamento que estava recolhido na unidade para manutenção. Ainda não havia certeza se o caso se tratava de furto, desvio ou erro na contagem anterior. Cerca de 480 militares estão aquartelados na unidade desde então.
No domingo (15), os familiares dos militares foram autorizados a visitá-los e levaram alimentos e roupas para os retidos. Alguns familiares relataram que há jovens com o estado emocional abalado no local, havendo relatos de choro na presença dos pais.
O Comando Militar do Sudeste informou que a tropa está aquartelada para contribuir com as ações necessárias no curso da investigação. Os militares estão sendo ouvidos para identificar dados relevantes para a apuração, segundo o órgão.
O Exército afirmou que, assim que foi notada a discrepância no controle das armas, providências administrativas foram tomadas imediatamente com o objetivo de apurar as circunstâncias do sumiço. A nota não menciona se há suspeitos.
O secretário da Segurança Pública de São Paulo, Guilherme Derrite, expressou lamento pelo caso e afirmou que a investigação visa evitar consequências catastróficas. Ele ressaltou que a segurança de São Paulo não medirá esforços para auxiliar nas buscas do armamento e garantir a segurança da população.
O Exército alega que as armas são inservíveis e que o Arsenal de Guerra é responsável por iniciar o processo de desfazimento e destruição dos armamentos que não podem ser reparados. No entanto, o gerente de projetos do Instituto Sou da Paz, Bruno Langeani, considera o furto ou sumiço das armas preocupante, pois mesmo que não estejam em condições imediatas de disparo, o crime pode utilizar armeiros e máquinas modernas para consertá-las ou produzir peças faltantes.