De acordo com informações obtidas do boletim de ocorrência, Nunes havia marcado um encontro por meio de um aplicativo de relacionamentos no dia anterior. Como medida de precaução, ele havia compartilhado sua localização com um amigo e também havia estipulado um horário para o retorno. A amiga do jovem, Evelyn Miranda, contou que ele saiu de casa, situada no bairro do Cambuci, por volta das 23h do dia 12 de junho, para se encontrar com alguém que conheceu em um aplicativo voltado para o público LGBTQ+.
Nunes teria brincado com um amigo, dizendo que se não voltasse até as 2h, o amigo deveria acionar a polícia. Com o desaparecimento do jovem, seus amigos decidiram investigar o perfil da pessoa com quem ele havia marcado o encontro e notaram que o perfil havia sido apagado. Preocupados, um dos amigos procurou a Polícia Civil e registrou um boletim de ocorrência na 5ª Delegacia de Pessoas Desaparecidas, localizada no centro da cidade.
Após algumas investigações, os amigos foram informados de que a localização do celular de Nunes indicava que o aparelho estava na favela de Heliópolis, também na zona sul de São Paulo. Os amigos começaram a procurar pelo jovem em hospitais da região e descobriram que um indivíduo baleado deu entrada no Hospital Ipiranga na madrugada do dia 13. Infelizmente, ao reconhecerem o corpo, confirmaram que se tratava de Leonardo Rodrigues Nunes.
A Secretaria da Segurança Pública afirmou que foram solicitados exames ao Instituto de Criminalística e ao Instituto Médico Legal para esclarecer as circunstâncias da morte do jovem. A investigação continua em andamento para identificar os responsáveis pelo homicídio de Nunes e garantir que a justiça seja feita.
