A medida tem sido alvo de críticas por parte de entidades ligadas à educação, que temem a doutrinação militar e a possibilidade de piora na qualidade de ensino. Para o professor Salomão Ximenes, da UFABC, a militarização das escolas representa um retrocesso no processo de educação pública e democrática, além de desviar verbas que poderiam ser investidas em outras escolas.
Especialistas apontam que as escolas militares trarão uma abordagem pedagógica e física violenta, caracterizada pela doutrina militar, e questionam a presença de militares inativos, com remuneração extra, sem a devida formação pedagógica. Também há preocupações com a imposição de disciplina hierárquica e violenta, que contrasta com os princípios constitucionais e da Lei de Diretrizes e Bases da Educação.
Diante disso, o PSol entrou com uma ação contra a lei estadual que instituiu as escolas militares, enquanto a vereadora Bruna Biondi, de São Caetano, anunciou que iniciará um debate sobre o tema nas escolas, com o intuito de coletar assinaturas contra a medida e possivelmente propor um projeto de lei que proíba as escolas militares na cidade.
Em Santo André, o vereador Rodolfo Donetti protocolou um projeto de lei complementar para instituir o programa de escola cívico-militar no município, destinado ao Ensino Fundamental I. O parlamentar ressalta a qualidade de ensino oferecida por essas instituições e destaca a importância do modelo para o avanço do ensino-aprendizagem e a formação de valores humanos e cívicos.
Diante das divergências e polêmicas em torno das escolas militares, o debate sobre a adoção desse modelo de ensino continua em pauta, levantando questões fundamentais sobre a educação pública e democrática no Brasil.