A decisão do Andes de não aceitar os termos propostos pelo governo gerou divergências entre os sindicatos que representam a classe dos professores. Enquanto a Proifes optou por aceitar as condições apresentadas, o Andes rejeitou a proposta e tentou deslegitimar a autoridade da Proifes para fechar o acordo. Durante uma reunião em Brasília, os sindicatos protagonizaram trocas de xingamentos e acusações, evidenciando a tensão nas negociações.
O presidente do Andes, Gustavo Seferian, considerou a assinatura do acordo pela Proifes como um “golpe” e um “tiro no pé” dado pela gestão petista. Já o presidente da Proifes, Wellington Duarte, enfatizou que as divergências fazem parte do jogo democrático e defendeu a negociação com o Ministério da Gestão e Inovação em Serviços Públicos. No total, 58 universidades e institutos federais aderiram à paralisação deste ano.
Com a possibilidade de a greve continuar, o Andes espera convencer os professores a manterem a paralisação, considerando que a postura do governo de Brasília fortaleceu o movimento e enfraqueceu a imagem de Lula como defensor da educação. Aliados do ex-presidente buscam blindá-lo, atribuindo a insatisfação dos profissionais da educação aos governos anteriores, que teriam promovido retrocessos no setor educacional. O diálogo entre as partes é apontado como fundamental para a resolução dos impasses.