O Massacre do Carandiru, ocorrido em 1992 e que resultou na morte de 111 detentos de forma desproporcional, não é mencionado no museu. Além disso, as condições insalubres das prisões e a superlotação são temas ignorados, não havendo espaço para debate ou propostas de melhoria do sistema carcerário.
O museu homenageia figuras como Cesare Lombroso e Nicola Pende, defensores de teorias eugenistas que associavam características físicas à predisposição ao crime. Essas ideias ultrapassadas são apresentadas de forma positiva, sem qualquer questionamento sobre seu impacto negativo na sociedade.
A falta de atualização do museu é evidente, com a ciência apresentada datando do início do século 20 e ignorando a evolução dos direitos humanos. Questões como violência, facções criminosas e drogas no sistema prisional são tratadas superficialmente, enquanto objetos usados por presidiários para cometer atos violentos são expostos de forma sensacionalista.
A exposição também destaca casos de regeneração através da religião, como o do bispo Edir Macedo, da Igreja Universal do Reino de Deus. A religião é retratada como solução para a ressocialização de detentos, mas não aborda os problemas estruturais do sistema carcerário.
Com sua origem em 1939, o museu parece preso no passado, incapaz de lidar com as novas demandas sociais em relação à diversidade e às minorias. A falta de autocrítica e a apresentação unilateral da realidade do sistema carcerário são apontadas como sérios problemas na narrativa propagada pelo Museu Penitenciário Paulista.
