Segundo o relatório, as intervenções feitas pela Allegra resultaram em danos no elevador, na pintura, infiltrações nas arquibancadas sobre o museu, vazamentos e goteiras na biblioteca e mediateca do Centro de Referência do Futebol. Livros foram danificados devido à infiltração de água e cabos de internet e linha telefônica foram rompidos durante as obras.
O arquiteto Nabil Bonduki, em texto publicado no blog do colunista Juca Kfouri, criticou a falta de profissionalismo nas obras realizadas pela Allegra, destacando a necessidade de reparos nos danos causados ao museu. A IDBrasil listou um prejuízo de quase R$ 78,5 mil devido aos danos sofridos, incluindo um vazamento de água que alagou partes do museu.
A Allegra afirmou que mantém diálogo constante com os representantes do museu para realizar reparos e ajustes nos cronogramas das obras. A concessionária também alegou que não teve autorização para acessar áreas do Pacaembu sob responsabilidade da gestão do Museu do Futebol. Além disso, a Allegra reclamou que a IDBrasil não está pagando a parte que lhe cabe na conta de água.
A gestão do prefeito Ricardo Nunes abriu um processo administrativo e notificou a Allegra após receber a documentação da IDBrasil. A relação entre a Allegra e a prefeitura já vinha sofrendo desgastes desde setembro de 2022, e recentemente a proibição de um show de Roberto Carlos no Pacaembu devido à falta de segurança no local evidenciou os problemas enfrentados entre as partes.
Em nota à imprensa, a IDBrasil reiterou seu interesse em restaurar o Pacaembu e reintegrá-lo à vida esportiva e cultural da cidade. Por outro lado, a Allegra busca se eximir de responsabilidades e resolver os impasses com a prefeitura e o museu. A polêmica continua, e as partes envolvidas buscam solucionar os conflitos e garantir a preservação do patrimônio histórico e cultural do estádio e do museu.