A PF busca nos bastidores delimitar os poderes da PRF e restringir suas ações ao patrulhamento de rodovias, enquanto a Polícia Rodoviária luta para manter a validade de uma portaria que amplia suas atribuições e pressiona o Ministério da Justiça por mais segurança jurídica para seus profissionais. O ministro da Justiça, Ricardo Lewandowski, tenta equilibrar os interesses das duas forças sob seu comando, estudando estratégias como a aprovação de leis orgânicas para cada corporação no Congresso.
A operação em Varginha provocou discordância, com a PRF sendo acusada de atuação ilegal. A Federação Nacional dos Policiais Rodoviários Federais defendeu os acusados e rejeitou as acusações da PF. O debate sobre o alcance das atribuições da PRF ganhou força após a assinatura de termos de cooperação entre a polícia rodoviária e o Ministério Público, levando à ampliação das atribuições da PRF em 2010. A Associação Nacional dos Delegados da Polícia Federal contestou a norma, mas o STF a considerou constitucional.
Em 2019, Sérgio Moro formalizou a ampliação das atribuições da PRF, o que foi questionado, mas não alterado por André Mendonça. Atualmente, Lewandowski estuda revisar a portaria para adequá-la às competências constitucionais da PRF. A compra de veículos blindados pela PRF foi destacada como um exemplo do desvirtuamento da instituição e é alvo de críticas internas e externas.
Os policiais rodoviários exigem clareza nas atribuições da PRF para evitar insegurança jurídica. A discussão em torno da portaria continua acalorada, com diferentes atores defendendo suas posições e buscando chegar a um consenso que atenda aos interesses de todas as partes envolvidas.