A determinação de Toffoli foi motivada por uma notícia-crime apresentada pelo deputado federal Rui Falcão (PT-SP) contra os procuradores da República que participaram da assinatura do acordo de leniência firmado pela empresa J&F Investimentos, dos empresários Joesley e Wesley Batista e controladora da JBS, entre outras. Falcão alega que, desde pelo menos 2014, o Ministério Público Federal atuou em parceria com a Transparência Internacional, desenvolvendo ações de combate à corrupção que podem ter envolvido recursos públicos.
O ministro Humberto Martins, do Superior Tribunal de Justiça (STJ), também se manifestou sobre o caso, afirmando que a remessa do processo para o STF era “adequada e prudente”. Toffoli destacou a decisão de Martins, mencionando que “fatos gravíssimos” descritos na decisão mostram a necessidade de esclarecimento sobre a atuação da ONG e de membros do MPF. Além disso, o ministro Alexandre de Moraes, do STF, suspendeu um acordo da Lava Jato que previa repasse de recursos para a Transparência Internacional, uma instituição privada sediada em Berlim.
Toffoli também suspendeu recentemente o pagamento de multas que a empreiteira Novonor (antigo Grupo Odebrecht) se comprometeu a pagar ao assinar acordo de leniência com o Ministério Público Federal (MPF), em 2016, no âmbito da Operação Lava Jato. A suspensão foi motivada pelo pedido de acesso integral aos documentos da Operação Spoofing, que investiga a troca de mensagens envolvendo o ex-juiz federal Sergio Moro e integrantes do MPF.
A Agência Brasil entrou em contato com a Transparência Internacional, mas não obteve resposta. Em ocasiões anteriores, a ONG negou ter recebido recursos indevidamente e afirmou ser alvo de acusações infundadas e assédio judicial. O desenrolar desses casos mostra a importância do controle e fiscalização sobre o uso de recursos públicos e a atuação de entidades não governamentais no país. A apuração desses casos é fundamental para manter a transparência e o combate à corrupção.