Para obter o selo, os interessados devem identificar a terra indígena, aldeia, etnia, nomes dos produtores e apresentar declaração de respeito às legislações ambientais e indigenistas, juntamente com requerimento e ata de reunião para anuência da comunidade, que devem ser encaminhados à Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai). Além disso, a proposta de obtenção do selo e a declaração da Funai devem ser enviadas ao MDA. No caso de empresas, associações ou cooperativas, é necessário apresentar também a cópia do CNPJ e a declaração dos produtores.
O Selo Indígenas do Brasil tem validade de cinco anos e pode ser renovado com antecedência de seis meses do vencimento, mediante a apresentação da mesma documentação. A identificação também está alinhada com o Selo Nacional da Agricultura Familiar, e os produtores indígenas poderão utilizar os dois selos em conjunto ou apenas um, após avaliação e publicação da permissão no Diário Oficial da União.
A lista dos autorizados a utilizar o selo estará disponível nos sites do MDA e da Funai, bem como nas coordenações regionais da fundação. Além disso, serão disponibilizados manuais sobre como reproduzir os selos nos produtos, assim como materiais de divulgação e propagandas.
Com a implementação do Selo Indígenas do Brasil, busca-se promover a valorização da produção indígena, destacando a origem étnica e territorial dos produtos da agricultura familiar, extrativistas e artesanais. A certificação também representa um importante reconhecimento da contribuição das comunidades indígenas para a economia e a cultura do país.