Pazuello ocupou o cargo de ministro da Saúde durante um período crítico da pandemia de covid-19, entre maio e setembro de 2020, sendo efetivado até março de 2021. Durante sua gestão, o Brasil registrou 708.237 mortes por covid-19 desde março de 2023, com o maior número de óbitos ocorrendo em 2022, quando 424,1 mil pessoas perderam a vida para a doença. Em dezembro de 2020, em meio à busca por contratos para a produção de vacinas, Pazuello questionou a necessidade e a ansiedade da população pela vacina, causando polêmica.
Sobre a vacinação, em 17 de janeiro de 2021, a primeira pessoa a ser vacinada no Brasil foi a enfermeira Mônica Calazans, que recebeu a primeira dose da Coronavac em São Paulo. O Estado de São Paulo reportou que 97,16% da população recebeu ao menos uma dose da vacina, com 89,71% da população completando o esquema vacinal.
Esses eventos demonstram a controvérsia em torno da gestão de Pazuello durante a pandemia de covid-19, refletindo a reação pública e as consequências de suas ações. A indignação e críticas contra Pazuello mostram a polarização em relação à sua atuação no governo, evidenciando a complexidade do debate em torno da gestão da pandemia.
