Um dos principais problemas enfrentados pelos munduruku está relacionado à presença de um porto mantido pela empresa Cargill na região. De acordo com informações da Agência Brasil, o porto tem prejudicado o acesso dos indígenas a fontes de alimentos não contaminados nas águas do Rio Tapajós e seus afluentes. Além disso, a presença da empresa de commodities tem contribuído para a especulação imobiliária na região, levando ao crescimento desordenado da população. O Ministério da Saúde chegou a ser cobrado pelo MPF para declarar uma situação de emergência em saúde pública devido à presença de mercúrio na Bacia do Rio Tapajós, decorrente da atividade de mineração.
O MPF ressalta que os estudos preliminares para a demarcação do território tiveram início em 2004, a pedido dos munduruku, e que a Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai) levou oito anos para formar o grupo técnico responsável por elaborar o Relatório Circunstanciado de Identificação e Delimitação (RCID) do território. Após a fase de contraditório e a análise de contestações administrativas, o relatório foi considerado válido, seguindo o rito legal.
No entanto, o processo de demarcação foi paralisado após ser devolvido à Funai de forma injustificada em 2019. Em abril deste ano, a Funai reenviou o processo ao Ministério da Justiça e Segurança Pública, aprovando o preenchimento de todos os elementos caracterizadores da ocupação tradicional na área. Segundo a legislação, o ministro titular da pasta teria até 30 dias para emitir a portaria declaratória dos limites da terra indígena. Até o momento, isso não ocorreu.
O Ministério da Justiça e Segurança Pública informou que está analisando 11 processos para emissão da Portaria Declaratória, que estão sob apreciação na Secretaria de Acesso à Justiça (Saju/ MJSP) nos termos do Decreto 1.775 de 1996. No entanto, a recomendação do MPF busca acelerar o processo de demarcação da TI Sawré Muybu, garantindo o reconhecimento do território indígena e a proteção dos direitos do povo munduruku.