O Exército respondeu que não pode divulgar informações sobre as investigações e o trâmite processual devido ao inquérito estar sendo conduzido em sigilo. No entanto, no dia 27, o Comando Militar do Sudeste anunciou que 19 militares foram presos administrativamente e estão cumprindo punição disciplinar por falhas de conduta e/ou erros de procedimento nos processos de fiscalização e controle de armamento. Na ocasião, o comando aguardava autorização para prender outros seis militares envolvidos diretamente no furto das armas. O pedido de prisão preventiva havia sido feito ao Superior Tribunal Militar.
Esses 19 presos fazem parte de um grupo de 20 militares que estão respondendo por transgressão disciplinar. Eles eram responsáveis pela vigilância das instalações no período em que as armas foram furtadas. Das 21 metralhadoras roubadas, 19 já foram recuperadas. Tratam-se de 13 metralhadoras de calibre 50 e oito de calibre 7,62.
No dia 1º deste mês, duas armas calibre .50 foram encontradas em uma operação conjunta entre o Comando Militar do Leste e a Polícia Civil do Rio de Janeiro. Também foi encontrado um fuzil calibre 7,62, cuja origem está sendo investigada. No entanto, duas armas com capacidade antiaérea, capazes de derrubar helicópteros, continuam desaparecidas.
O furto das armas teria ocorrido nas primeiras horas do feriado de 7 de Setembro, quando o quartel estava vazio. Segundo a investigação militar, o circuito de energia do Arsenal de Guerra foi desligado temporariamente, o que desativou as câmeras de segurança e o alarme do local. O desaparecimento das armas só foi notado no dia 10 de outubro, quando foi constatada a troca do cadeado e do lacre do depósito.
Após a descoberta do furto, os 480 militares do Arsenal de Guerra de São Paulo ficaram aquartelados por uma semana. A liberação foi gradual, e os últimos 40 militares retidos foram autorizados a deixar o local no dia 24 de outubro.