O procurador-geral da República, Paulo Gonet, argumenta que os trechos que permitem a ocupação e exploração de terras indígenas por terceiros não indígenas devem ser invalidados. Além disso, ele pede a anulação de partes que impedem a ampliação de áreas já demarcadas, permitindo a permanência de posseiros e o pagamento de benfeitorias aos ocupantes de boa-fé.
Gonet também questiona as cláusulas que criam obstáculos para os procedimentos de demarcação de terras indígenas, alegando que contrariam os direitos dos indígenas à posse permanente e ao usufruto exclusivo de suas terras, garantidos pela Constituição Federal.
O procurador afirma que a lei do marco temporal legitima atos e negócios jurídicos que visam a exploração econômica e turística por terceiros das riquezas presentes em terras indígenas, sem respaldo em interesse público da União e sem amparo em lei complementar.
A lei do marco temporal foi aprovada pelo Congresso como uma reação ao próprio STF, que havia decidido, em setembro do ano anterior, derrubar a tese do marco temporal, argumentando que o direito dos indígenas às terras é anterior ao Estado brasileiro e, portanto, não pode ser limitado a um ponto temporal específico.
Após o veto parcial do presidente Lula, a medida foi derrubada pelo Legislativo, resultando na promulgação da lei em 28 de dezembro pelo presidente do Senado, Rodrigo Pacheco. A bancada ruralista considerou essa medida uma vitória, defendendo que o marco temporal resolve disputas por terra e garante segurança jurídica e econômica.