Durante a gestão anterior de Augusto Aras, havia a percepção no STF de que era comum o magistrado ignorar a PGR e fortalecer a Polícia Federal, ou até decidir unilateralmente, para avançar nas investigações contra o ex-presidente Jair Bolsonaro e seus aliados. Esperava-se que a situação mudasse com a indicação e apoio de Gonet, porém, Moraes continuou desconsiderando as manifestações da Procuradoria.
Embora a relação entre Moraes e Gonet tenha se estreitado desde a nomeação do procurador-geral, o ministro ainda insiste em atropelar a Procuradoria em suas decisões. Especialistas têm criticado essa postura, que vai de encontro à maioria das decisões do STF. Em alguns casos sensíveis, Moraes e a Procuradoria trabalharam em harmonia, mas em outras situações o ministro preferiu ignorar os pareceres da PGR.
Um dos casos que gerou discordância foi a prisão de um deputado estadual do Espírito Santo, em que Moraes decidiu pela detenção mesmo diante de um parecer da PGR contrário à medida. Em um cenário onde a PGR e a PF divergiram quanto a uma diligência em relação a Priscila Pereira, Moraes optou por seguir a solicitação da Polícia Federal.
Esses desentendimentos entre Moraes e a Procuradoria não são novos. Na gestão anterior de Aras, o ex-PGR era criticado pelo Supremo por sua suposta inação diante das afrontas de Bolsonaro às instituições. O ministro negou pedidos da PGR para arquivar inquéritos contra o ex-presidente e em diversas ocasiões driblou as solicitações da Procuradoria.
A expectativa era de que os conflitos entre Moraes e a PGR cessassem com a mudança no comando da instituição, porém, isso não tem se confirmado. A atitude do ministro em desconsiderar as orientações da Procuradoria tem causado controvérsias e questionamentos por parte de especialistas, que destacam a importância da imparcialidade judicial e do respeito às instâncias investigativas.
