Segundo a análise da CGU, houve casos de remédios supostamente entregues a pessoas falecidas, resultando em um desperdício de recursos públicos e fraude. As farmácias conveniadas ao programa Farmácia Popular receberam o pagamento do governo federal por medicamentos que não foram devidamente comprovados em estoque, levantando suspeitas de desvios no montante de R$ 2,57 bilhões em um orçamento de R$ 14 bilhões no período.
Os auditores investigaram a base de dados do Ministério da Saúde e da Receita Federal para verificar se as farmácias possuíam os remédios em estoque e constataram que muitas vendas foram realizadas sem comprovação de compra. Essa situação foi classificada como “fraudes ou desvios” pela Controladoria, que apontou falhas nos controles do Sistema Autorizador de Vendas, mantido pelo Ministério da Saúde.
Em resposta às conclusões da CGU, o Ministério da Saúde elaborou uma nota técnica em que menciona os controles preventivos adotados pelo programa. A pasta afirmou que o programa Farmácia Popular já adota mecanismos de controles preventivos e detectivos para identificar eventuais irregularidades na execução do programa.
A Abrafarma, Associação Brasileira de Farmácias, afirmou que as fraudes também podem ocorrer por culpa do consumidor, como forjar receitas médicas ou adquirir medicamentos para uso não pessoal. A entidade destacou a importância da fiscalização do processo de dispensação por parte do governo para que as farmácias participantes recebam o reembolso previsto.
O programa Farmácia Popular foi criado em 2004, durante o primeiro mandato de Lula, e teve um orçamento de R$ 14 bilhões entre 2015 e 2020. Esta situação levantou preocupações sobre a eficácia e a fiscalização do programa e exigiu respostas do Ministério da Saúde, que se pronunciou por meio de uma nota técnica. A assessoria do Ministério da Saúde afirmou que só poderia comentar o caso posteriormente. A CGU concluiu a auditoria em novembro de 2023 e as irregularidades levantadas demandaram aprimoramentos nos controles do programa.