Zúñiga, juntamente com outros dois militares de alto escalão – o vice-almirante Juan Arnez e Alejandro Irahola – chegaram fortemente escoltados à prisão de Chonchocoro, nos arredores de El Alto. A Justiça determinou a reclusão dos acusados na cadeia enquanto as investigações sobre a insurgência avançam. Eles enfrentam acusações de terrorismo e rebelião armada, podendo receber uma sentença de até 20 anos de prisão.
Além dos três militares, outros 18 militares ativos e aposentados, juntamente com civis, foram detidos. O governo afirmou ter encontrado indícios de um plano militar para mobilizar forças do departamento de Tarija para La Paz durante a tentativa de golpe. O ministro de Governo, Eduardo Del Castillo, revelou que foi encontrado um radiograma instruindo a transferência de grupos de ataque para a capital.
O general Zúñiga tem sido apontado como o principal responsável pela conspiração contra o presidente Arce, que assumiu o cargo em 2020. Os acontecimentos que levaram à sua prisão tiveram início na quarta-feira (26), quando militares tomaram a praça Murillo e avançaram contra o palácio presidencial. Após confronto com o presidente, os soldados se retiraram e a polícia retomou o controle da área.
Durante a rebelião militar, 14 civis ficaram feridos por balas de borracha disparadas pelos soldados. Zúñiga alegou que Arce teria arquitetado um autogolpe para aumentar sua popularidade, no entanto, o governo negou as acusações. O general havia sido removido do cargo na terça-feira (25) após fazer ameaças contra o ex-presidente Evo Morales, que pretende concorrer nas eleições presidenciais de 2025 contra Arce.