Após a saída de Dino, a condução da operação militar perdeu força, com reuniões semanais do comitê de acompanhamento da GLO deixando de ocorrer. Além disso, não houve encontros entre Lewandowski e o Ministro da Defesa, José Múcio Monteiro, para debater os rumos da operação.
A transição no Ministério da Justiça foi impactada pela fuga de dois detentos da Penitenciária Federal de Mossoró, o que resultou numa falta de direcionamento em relação à operação de GLO. A decisão sobre a prorrogação ou fim da operação militar caberá ao Presidente Lula, e o Ministério da Defesa avaliou de forma positiva a atuação das Forças Armadas nos portos e aeroportos.
Enquanto membros do governo comemoram os resultados positivos da operação, setores da gestão Lula se mostram contrários à prorrogação da GLO. Oficiais-generais da Aeronáutica e da Marinha argumentam que o emprego dos militares em operações de segurança pública deve ser episódico, limitado a áreas específicas e com prazo máximo de duração.
A Polícia Federal e as Forças Armadas têm tido embates em relação à operação de GLO, com disputas pela paternidade dos resultados obtidos. Mesmo diante dos sucessos das apreensões, há desavenças sobre quem de fato merece o reconhecimento pela ação.
Os desentendimentos entre a PF e os militares começaram na transição do governo Lula e se intensificaram após investigações da PF contra militares envolvidos em discussões golpistas. O clima entre as instituições melhorou após diálogos entre autoridades, mas a desconfiança e os conflitos ainda persistem.
Ao final, a decisão sobre a prorrogação da GLO ficará a cargo do Presidente Lula, com o Ministério da Justiça e o Ministério da Defesa aguardando as instruções superiores para definir os rumos da operação nos portos e aeroportos do país.
