Durante o debate, deputados de oposição criticaram a prova, argumentando que ela desvalorizava o agronegócio e tinha um viés ideológico contrário ao setor. No entanto, Palácios destacou que os itens da prova foram elaborados por professores selecionados por meio de chamada pública em 2020, durante o governo Bolsonaro. Ele frisou que a seleção foi feita a partir de critérios objetivos, e que os autores citados na prova também foram selecionados baseando-se em critérios técnicos e objetivos.
Deputados, como o Sargento Gonçalves, criticaram a abordagem feita na prova em relação ao agronegócio, mencionando que a mencionada “superexploração” e “chuvas de veneno” causaram prejuízo ao setor. Enquanto isso, a deputada Adriana Ventura reforçou as reclamações, afirmando que a prova teve um “viés ideológico absurdo”.
Outro ponto discutido foi a distância do local de prova para alguns estudantes, com reclamações de que alguns locais estavam a mais de 30 quilômetros de distância da residência do estudante. Esse problema resultou em uma ausência de 28,1% dos inscritos no primeiro dia de prova, causando a necessidade de reaplicação da prova para aqueles que foram prejudicados.
Apesar das críticas, deputados favoráveis à prova, como Pedro Uczai e Chico Alencar, defenderam a abordagem feita na prova, argumentando que ela instiga a inteligência do estudante e não deve ser interditada como debate. Manuel Palácios também negou que o Enem ou o Inep demonizem o agronegócio.
Dessa forma, a audiência pública na Comissão de Educação foi marcada por uma discussão intensa, com deputados de lados opostos argumentando a favor e contra a prova do Enem. A polêmica em torno da prova lançou dúvidas sobre o processo de elaboração e abordagem do exame, ao mesmo tempo em que levantou questões sobre a isonomia na aplicação da prova.