Prost encerrou sua carreira como piloto em 1993, conquistando o seu último título de campeão do mundo. Meses depois, Ayrton Senna sofreria o acidente fatal que chocou o mundo. Em declarações ao site Motorsport.com, Prost afirmou que não guarda lembranças ruins do brasileiro e que aprendeu a conhecê-lo melhor nos seus últimos seis meses de vida, revelando que Senna era alguém completamente diferente do que ele imaginava.
A morte de Senna teve um impacto profundo em outros pilotos, como Michael Schumacher, que estava próximo ao brasileiro no momento do acidente. Ao igualar o recorde de 41 vitórias em Grandes Prêmios estabelecido por Senna, Schumacher não conteve as lágrimas, emocionado com a lembrança do ídolo.
Mesmo Lewis Hamilton, que era apenas uma criança de nove anos quando Senna faleceu, guarda uma memória emocionada daquele dia trágico. Em depoimento no filme “1, Life on the Limit”, o piloto britânico relembrou como foi difícil compreender a perda de um ícone da Fórmula 1 na sua infância.
Além do legado deixado como piloto, Senna também era conhecido por sua preocupação com a pobreza em seu país. O Instituto Ayrton Senna, hoje dirigido por sua irmã Viviane e sua sobrinha Bianca, continua o seu trabalho assistencial, ajudando crianças carentes, em um exemplo do compromisso social do tricampeão mundial.