No entanto, no século 16, durante a Reforma Protestante, surgiu uma nova denominação religiosa que se opunha à tradição do batismo de crianças – a Igreja Batista. Ao contrário da maioria das igrejas, os batistas defendiam que apenas aqueles que tivessem consciência formada poderiam receber o batismo, uma prática conhecida como credobatismo. Essa característica se tornou um marco distintivo dos batistas.
A fundação da Igreja Batista é atribuída a John Smyth e Thomas Helwys, dois ingleses do século 16. Smyth era um sacerdote da Igreja Anglicana, mas acabou rompendo com essa instituição e se aproximando dos menonitas, que já praticavam o credobatismo. Foi a partir dessas influências que Smyth chegou à conclusão de que apenas aqueles que tivessem consciência do ato deveriam ser batizados.
Smyth batizou seu grupo em Amsterdã, incluindo Thomas Helwys, e esse episódio é considerado a fundação da primeira Igreja Batista. No entanto, Smyth acabou sendo excomungado da igreja que havia criado, e Helwys assumiu a liderança. Em 1611, Helwys fundou a primeira Igreja Batista na Inglaterra e publicou uma declaração de fé que se tornou a primeira confissão batista de fé.
Uma das características dos batistas é sua independência congregacional, o que significa que cada igreja é uma congregação própria, com vida própria. Isso permitiu que as ideias dos batistas se espalhassem e influenciassem outras denominações, como as igrejas pentecostais. No Brasil, a Igreja Batista da Lagoinha em Belo Horizonte foi responsável pelo pontapé inicial para o crescimento do pentecostalismo no país.
Além do credobatismo, os batistas compartilham outros princípios, como a fé na Bíblia como regra de fé e prática, a defesa da liberdade de consciência e uma visão particular da celebração da ceia cristã. Para os batistas, o batismo é um sinal externo de uma graça interna e é realizado por imersão em água corrente.
Ao longo dos séculos, a Igreja Batista se diversificou em várias denominações e atualmente é uma das maiores ramificações do protestantismo. Sua influência no Brasil, especialmente no crescimento do pentecostalismo, é notável. O batismo de adultos, com imersão, se tornou comum no país e reflete a herança dessa denominação.