Os usuários têm reclamado da desorganização no sistema de embarque e desembarque, especialmente para aqueles que possuem horário marcado. Além disso, a falta de organização no trânsito nas ruas de acesso à área de embarque e desembarque em São Sebastião, somada às reformas em andamento nos terminais das duas cidades, têm contribuído para o caos enfrentado diariamente por quem precisa utilizar o serviço de travessia.
A produtora de eventos Julia Giovannini, por exemplo, relatou ter esperado seis horas na fila da balsa em plena segunda-feira, devido à desorganização do sistema e à operação limitada das balsas. Outros usuários, como Maura Ribeiro, também enfrentam longas esperas e falta de organização, ressaltando a necessidade de privatização do serviço para melhorias.
O ex-governador João Doria havia prometido a privatização das travessias litorâneas, porém, a licitação autorizada em novembro de 2021 não atraiu interessados. Enquanto isso, a atual secretária de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística, Natália Resende, reconhece que as travessias foram recebidas em condições precárias e destaca os esforços da gestão Tarcísio em promover melhorias significativas no sistema.
As reformas nos terminais de São Sebastião e Ilhabela visam proporcionar mais segurança, conforto e agilidade aos usuários. Apesar dos desafios enfrentados, há um crescimento no volume transportado durante o mês de julho de 2024 em comparação com o mesmo período de 2023, o que demonstra uma movimentação constante apesar das dificuldades enfrentadas. A expectativa é que as obras trarão benefícios significativos aos usuários, principalmente durante o período de verão.