A segurança do evento, programado para ocorrer entre 21 de outubro e 2 de novembro, será responsabilidade do Estado colombiano e da polícia da ONU. No entanto, os recentes ataques do EMC com explosivos em localidades próximas a Cali aumentaram a tensão no local. A ministra colombiana do Meio Ambiente, Susana Muhamad, expressou preocupação com a situação da ordem pública no departamento de Vale do Cauca, onde está localizada Cali, e no vizinho Cauca.
Os guerrilheiros do EMC já haviam realizado atentados violentos, como o com moto-bomba em Jamundí, e declararam seu descontentamento com os planos cívico-militares disfarçados de ações de desenvolvimento na região. O líder rebelde Iván Mordisco, financiado pelo narcotráfico, extorsão e garimpo ilegal, tornou-se um obstáculo para o presidente Gustavo Petro, que pediu sua captura e o comparou a Pablo Escobar.
Diante das ameaças dos dissidentes, o governo colombiano decidiu intensificar as operações contra a facção rebelde. Mordisco abandonou as negociações de paz em abril, o que resultou na divisão do EMC. O ministro da Defesa, Iván Velásquez, e comandantes das forças militares anunciaram novas operações para neutralizar os dissidentes que se recusam a aceitar o processo de paz.
Mesmo com a tensão gerada pelas ameaças dos guerrilheiros, o governo colombiano afirma que a COP16 não será transferida e está tomando medidas para garantir a segurança dos participantes, que devem incluir pelo menos 12 mil visitantes. A cidade de Cali contará com 12 mil soldados durante o evento, com o objetivo de evitar interrupções e garantir o sucesso da cúpula mundial sobre biodiversidade.