Essa mudança ainda precisa ser homologada pelo Ministério da Educação para que entre em vigor. A Capes manifestou apoio às alterações propostas, porém um grupo de entidades científicas expressou preocupação com a possível ampliação das desigualdades regionais e a dificuldade de interiorização da produção de pesquisas e conhecimento no país.
Segundo os critérios estabelecidos, apenas 17 instituições de ensino seriam classificadas como consolidadas, sendo a maioria localizada no Sul e Sudeste do país. A falta de representatividade de instituições do Norte no grupo que se beneficiaria da maior autonomia foi apontada como um ponto negativo pelas entidades.
Essa nova regra define que instituições consideradas consolidadas são aquelas que possuem, no mínimo, dez programas de pós-graduação avaliados nos níveis 6 ou 7 pela Capes. As entidades argumentam que essa mudança pode concentrar ainda mais recursos em instituições e regiões que já recebem mais investimentos para pesquisa.
O presidente do Fórum Nacional de Pró-Reitores de Pesquisa e Pós-Graduação (Foprop), Charles Morphy, ressaltou a necessidade de investir em regiões menos privilegiadas historicamente. Ele destacou que a concentração dos programas de pós-graduação no Sul e Sudeste do país não estimula a produção de conhecimento nas demais regiões.
Apesar das críticas, o relator do documento aprovado pelo CNE, Luiz Roberto Curi, defendeu a nova regra, argumentando que ela visa modernizar o sistema de pós-graduação, permitindo que instituições de renome tenham mais liberdade para inovar na abertura e formulação de novos cursos.
Tanto o CNE quanto a Capes afirmaram que o novo modelo busca estimular programas de pós-graduação mais alinhados com um mundo interdisciplinar e sem fronteiras, além de tentar resolver as assimetrias existentes no sistema de ensino superior brasileiro. A questão da desigualdade regional e da interiorização da produção de conhecimento continua sendo tema de debate entre as entidades educacionais e o governo.