Entre os critérios de avaliação estão o tamanho e a qualidade da produção científica, a titulação dos professores e o impacto social dos programas, que resultam em notas que vão de 1 a 7. Recentemente, algumas regras foram alteradas por meio de um acordo firmado com o Ministério Público Federal. A entidade emprega consultores e coordenadores para analisar os dados das instituições de ensino e emitir pareceres com sugestões de nota, que são posteriormente apreciados pelo Conselho Técnico-Científico da Educação Superior.
As escolas que recebem notas baixas costumam contestar os resultados, uma vez que isso afeta não apenas a reputação, mas também os recursos financeiros disponíveis. Até a assinatura do termo com o MPF, a Capes classificava os cursos a partir da comparação entre eles, estabelecendo critérios no meio do período analisado, o que gerava incertezas. No entanto, a Capes garante que atualmente utiliza o Índice de Desenvolvimento Humano Municipal como fator de ponderação, direcionando um maior número de bolsas para cursos oferecidos em municípios menos desenvolvidos.
A divulgação dos critérios e a manutenção de notas antigas de programas rebaixados são parte do acordo com o MPF. Segundo a entidade, os resultados da avaliação abrangendo o período de 2017 a 2020 foram positivos: 54% dos cursos mantiveram a nota, 34% tiveram nota maior e 4% foram rebaixados. O número de programas considerados excelentes (notas 6 e 7) cresceu de 490 em 2017 para 671 em 2020.
Dentre os critérios levados em consideração na última avaliação da Capes, estão a coerência e atualização das linhas de pesquisa, a infraestrutura adequada para pesquisa, a titulação e experiência dos professores, a produção intelectual e a inserção social dos programas. A professora aposentada da Faculdade de Educação da USP, Sandra Maria Zákia, alega que a associação entre o resultado das avaliações e o fomento aos programas fragiliza o potencial da avaliação como indutora da qualidade da produção científica. No entanto, o ex-ministro da Educação e diretor de avaliação da Capes entre 2004 e 2008, Renato Janine Ribeiro, discorda dessa afirmação, argumentando que o resultado da avaliação não é o único parâmetro para destinação de recursos aos programas.
