Entre as espécies observadas na região do porto, destacam-se o trinta-réis-de-bando, o trinta-réis-de-bico-vermelho e o papagaio-moleiro. Essas aves integram a lista da Fauna Ameaçada de Extinção, do Ministério do Meio Ambiente e do Estado de São Paulo. O monitoramento é realizado a cada dois meses, com a utilização de barcos e binóculos, em oito pontos pré-determinados no entorno do porto.
Segundo Isadora Bonello, Gerente da Companhia Docas de São Sebastião, a presença dessas espécies é um indicador de qualidade ambiental, uma vez que elas exigem boas condições para o seu desenvolvimento, como oferta de alimentos, proteção contra caçadores e sítios de reprodução adequados. O trinta-réis-de-bando tem uma dieta variada, que inclui pequenos animais vertebrados e invertebrados, dependendo de águas não poluídas. Já o trinta-réis-de-bico-vermelho se alimenta exclusivamente de peixes. O papagaio-moleiro, por sua vez, é a maior espécie do grupo e está ameaçado devido ao comércio ilegal.
Além das espécies ameaçadas, o estudo também registrou a presença de aves migratórias na região do porto, como a garça-azul, o socó-dorminhoco e o trinta-réis-de-bico-vermelho. O Chorozinho-de-asa-vermelha, endêmico na Mata Atlântica, também foi avistado na região.
O Plano de Monitoramento de Avifauna avalia quantitativamente e qualitativamente as espécies observadas. Esse acompanhamento contínuo é essencial para verificar possíveis variações no número de indivíduos e espécies de aves, assim como os impactos dessas variações. Além disso, as observações feitas nas campanhas estão alimentando o Inventário da Avifauna na Área de Influência do Porto Público de São Sebastião, que fornece informações sobre hábitos alimentares, migratórios e grau de ameaça das aves.
O Porto de São Sebastião, administrado pela Companhia Docas de São Sebastião, é considerado a terceira melhor região portuária do mundo. Ele é um porto público e recebe diversos produtos de importação e exportação, tais como barrilha, sulfato de sódio, malte, cevada, trigo, produtos siderúrgicos, máquinas, equipamentos, veículos e peças.