Baptista Junior foi chamado de “traidor da pátria” pelo ministro da Defesa de Jair Bolsonaro, enquanto o então comandante do Exército, Marco Antônio Freire Gomes, foi chamado de “cagão”.
O General Braga Netto, segundo a Polícia Federal, escreveu mensagem em que disse: “Senta o pau no Batista Junior. Povo sofrendo, arbitrariedades sendo feitas e ele fechado nas mordomias. Traidor da pátria. Daí para frente. Inferniza a vida dele e da família”.
Baptista Junior também curtiu mensagens de pessoas que o parabenizaram “pela posição de respeito ao povo brasileiro” e “por ter se mantido firme no dever constitucional”.
Além disso, ele curtiu uma mensagem da ex-deputada estadual Janaina Paschoal que afirmava que “apoiadores do atual governo erravam ao atribuir a pecha de golpistas aos militares de forma genérica” e que “as Forças Armadas existem para evitar aventuras autoritárias em nosso país”.
Na sexta-feira, o tenente-brigadeiro do ar reagiu ao conteúdo revelado pela investigação da Polícia Federal com uma mensagem em suas redes sociais. Ele escreveu: “A ambição derrota o caráter dos fracos. Aliás … revela’. Já tendo passado dos 60 anos, não tenho mais o direito de me iludir com o ser humano, nem mesmo aqueles que julgava amigos e foram derrotados pelas suas ambições”.
Durante o governo Bolsonaro, Baptista Junior foi criticado por apoiar postagens em favor do então presidente. O regulamento disciplinar das Forças Armadas considera transgressão a manifestação sobre assuntos de natureza político-partidária por militares da ativa.
Ele também foi criticado após ter curtido uma publicação em que a deputada federal Bia Kicis dizia ter ouvido dele em uma reunião que estava “honrando seu voto”. Ele foi alvo de denúncia no Ministério Público Militar por sua “constante militância política” nas redes sociais, mas o processo foi arquivado em menos de um mês, sem a realização de diligências.
Em uma entrevista ao jornal O Globo em 2021, ele afirmou que uma nota enviada pelos comandantes das Forças Armadas e Braga Netto ao presidente da CPI da Covid, senador Omar Aziz, era um “alerta às instituições” e que não enviariam 50 notas. Ao ser questionado se essa afirmação era uma tentativa de intimidação, ele respondeu que “homem armado não ameaça”.