No segundo tempo, o Santos continuou em bom ritmo e Gabriel Bontempo marcou o quarto gol logo no início da etapa. Mesmo com o Água Santa descontando aos 14 minutos com Luiz Eduardo, o placar permaneceu inalterado até o final da partida.
Além da classificação do Santos, a terceira fase da Copa São Paulo de Futebol Júnior teve como destaque a eliminação do Palmeiras, atual campeão do torneio. O time estreante Aster Itaquá venceu o Palmeiras e avançou para a próxima fase, enfrentando o Atlético Guaratinguetá. O Flamengo também segue vivo na competição, superando o São José-RS por 3 a 1.
Outros resultados da terceira fase incluem a vitória do Atlético Guaratinguetá sobre o Taubaté por 2 a 0, a vitória nos pênaltis do Coritiba sobre o Juventus, a vitória nos pênaltis do Ibrachina sobre o Vitória, a vitória nos pênaltis do Botafogo-SP sobre o Sfera, e a vitória do Cruzeiro sobre a Portuguesa por 1 a 0.
Os confrontos das oitavas de final incluem Athletico-PR x Grêmio-RS, Novorizontino-SP x São Paulo-SP, Corinthians-SP x CRB-AL, Ituano-SP x América-MG, Botafogo-SP x Flamengo-RJ, Atlético Guaratinguetá-SP x Aster Itaqua-SP, Santos-SP x Cruzeiro-MG, e Ibrachina-SP x Coritiba-PE. Palmeiras, por outro lado, está fora da competição.
Os jogos prometem bastante emoção e os times continuam firmes em busca do título da Copa São Paulo de Futebol Júnior.