De acordo com a CGU, a situação apresentada na auditoria denota desperdício de recursos públicos e fraude cometida tanto pelo particular que efetua a compra, burlando os controles na farmácia, quanto pelo próprio estabelecimento. A fiscalização detectou que 18,5% dos R$ 13,8 bilhões desembolsados pelo Farmácia Popular foram gastos em remédios sem nota fiscal. Além disso, a distribuição a pacientes falecidos foi confirmada através do cruzamento do Cadastro de Pessoas Físicas (CPF) do paciente com autorizações emitidas pelo Ministério da Saúde e informações de óbitos de diferentes sistemas de registro.
A CGU recomendou a elaboração de um plano de tratamento de risco, o descredenciamento de estabelecimentos que não comprovarem as vendas com nota fiscal, aprimoramento de mecanismos de controle e adoção de medidas para recuperação dos recursos pagos indevidamente. Além disso, sugeriu a utilização do sistema Sentinela, que automatiza a circulação das informações de distribuição de remédios ante a comprovação da efetiva e regular compra dos medicamentos no mercado.
É importante ressaltar que as fraudes no Programa Farmácia Popular não são incomuns e têm sido reprimidas pelo governo. Recentemente, a Polícia Federal cumpriu mandados de busca e apreensão contra acusados de vendas fictícias de medicamentos em quatro estados: Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Amazonas e Ceará. As investigações mostraram que os acusados usavam indevidamente dados de cidadãos para fraudar compras por farmácias, e responderão pelos crimes de estelionato contra a União, falsificação de documento particular, associação criminosa, falsidade ideológica e uso de documento falso.
O Ministério da Saúde informou que avalia o resultado e as recomendações da auditoria da CGU, mas não forneceu mais detalhes sobre as medidas que serão adotadas diante das constatações da auditoria.