Um dos pontos vetados por Lula e mantido foi o trecho que autorizava o contato com povos isolados para atendimento médico ou ações estatais de utilidade pública. Outro ponto polêmico era a possibilidade de retomada de terras demarcadas pela União devido à alteração dos traços culturais das comunidades indígenas ao longo do tempo. Também permaneceu vedado o dispositivo que permitiria a plantação de transgênicos nos territórios indígenas.
A votação que resultou na derrubada dos vetos foi marcada por protestos do movimento indígena do lado de fora do Congresso. A ministra dos povos indígenas, Sonia Guajajara, discursou contra a medida e acompanhou a sessão no plenário.
O marco temporal foi aprovado como uma reação do Legislativo ao Supremo Tribunal Federal (STF). Essa tese define que os territórios indígenas devem ser demarcados considerando a ocupação indígena em 1988, data da promulgação da Constituição. No entanto, é criticada como inconstitucional pelos indígenas, que argumentam que o direito às terras é anterior à criação do Estado brasileiro e não pode estar restrito a um marco temporal.
O projeto de lei que institui o marco temporal também extrapola a questão da demarcação, criando brechas para a exploração de recursos naturais dentro dos territórios, flexibilizando as proteções de contato contra povos isolados e permitindo parcerias com não-indígenas para trabalhos nestas áreas.
Enquanto tudo isso acontecia, o presidente Lula participava da COP, a Conferência do Clima da ONU, em Dubai. Durante o evento, ele criticou a bancada ruralista em relação ao marco temporal e fez um apelo em defesa da luta dos indígenas.
Além disso, a bancada ruralista planeja uma PEC para incluir o marco temporal na Constituição, o que faria o próprio STF ter que considerá-lo em suas decisões.
Essa movimentação contra o marco temporal faz parte de uma ofensiva maior do Congresso, impulsionada pela oposição e pelos ruralistas, contra movimentações recentes do Supremo, como o julgamento sobre aborto e drogas. A previsão é de que o tema continue gerando debate e mobilizações nos próximos meses.