A causa das mortes está relacionada à seca extrema e histórica que está afetando a região. As chuvas esparsas, atrasadas, irregulares e em menor volume, juntamente com temperaturas elevadas, estão provocando o superaquecimento das águas dos lagos habitados pelas espécies, levando a essas mortes em massa.
Em Tefé, 154 botos e tucuxis morreram no lago Tefé entre 23 de setembro e 20 de outubro, o que também levou a uma operação de emergência ambiental. A hipótese mais provável para os óbitos é o superaquecimento da água, resultando em um total de 224 animais mortos nas duas regiões.
A equipe do ICMBio, em conjunto com pesquisadores do Instituto Mamirauá e da Universidade Federal do Amazonas (UFAM), está mobilizada para conter os danos e investigar os possíveis impactos ambientais dessas mortes em massa. Eles suspeitam que a mortandade de botos e tucuxis possa estar se repetindo em outros lagos de outras regiões, ainda não detectadas.
Após a baixa histórica nos níveis dos rios na região amazônica, causada por uma conjunção de fatores, como o El Niño, aquecimento do Atlântico Tropical Norte, degradação e desmatamento da floresta e efeitos das mudanças climáticas, os níveis dos rios voltaram a subir, trazendo alguma estabilidade.
Os pesquisadores envolvidos nessas ações foram surpreendidos pelo fato de que tanto machos, fêmeas, filhotes, jovens e adultos estão entre as vítimas, algo inédito para os pesquisadores que atuam com mamíferos aquáticos na Amazônia. A análise das carcaças encontradas sugere que parte dos animais tinha o estômago vazio, apesar da abundância de peixes na região, levando à suspeita de que o processo de regulação da temperatura corpórea tenha provocado um aumento de pressão sanguínea e alteração cerebral.
Os esforços das equipes envolvidas incluem a realização de sobrevoos para identificar áreas com situações semelhantes, bem como a coleta de carcaças e a realização de análises de materiais para entender completamente as causas dessas mortes e seus efeitos no ecossistema. A situação continua a ser monitorada de perto para evitar um desastre ambiental de maiores proporções.