A visita do pontífice ocorre em um momento delicado para as minorias religiosas da Indonésia, que enfrentam um crescente aumento da discriminação. Embora o país reconheça oficialmente outras religiões, como o cristianismo, os cristãos locais temem que a liberdade religiosa esteja sendo limitada, com casos de proibição da construção de igrejas e ataques a templos religiosos sendo relatados.
O Sindicato dos Jornalistas pela Diversidade, sediado em Jacarta, denunciou recentemente oito violações da liberdade religiosa somente no mês de agosto. Essas questões sensíveis são esperadas que sejam abordadas durante a visita do Papa Francisco.
No entanto, o teólogo Michel Cambon, da Universidade Nacional de Singapura, acredita que o Papa enviará uma mensagem mais ampla de paz e diálogo inter-religioso, em linha com suas ações em países de maioria muçulmana como Iraque, Bahrein, Turquia e Marrocos. A visita do Papa não se concentra apenas nos católicos indonésios, mas visa promover o diálogo entre cristianismo e islamismo em nível global.
Durante sua estadia, o Papa argentino se reunirá com o presidente da Indonésia, Joko Widodo, além de jovens, diplomatas e representantes do clero local. Ele também presidirá uma missa em um estádio com capacidade para 80 mil pessoas. Com uma saúde frágil, a presença do Papa Francisco na Indonésia é aguardada com grande expectativa e esperança por parte da população local e autoridades do país.