Paralelamente, decisões recentes do STF provocaram atritos com o Congresso Nacional, como a que dificultou o pagamento de emendas parlamentares ao Orçamento da União. Em resposta, o Congresso ameaçou retaliar com a votação de projetos que limitam a atuação do tribunal.
Após a publicação da reportagem, ministros como Gilmar Mendes, Luís Roberto Barroso e o procurador-geral da República, Paulo Gonet, saíram em defesa de Moraes durante discursos no plenário do STF, elogiando sua conduta.
Com sua posição fortalecida, Moraes decidiu abrir um inquérito por conta própria para investigar o episódio, se autodeclarando relator. Ele determinou o depoimento de Eduardo Tagliaferro, ex-chefe da Assessoria Especial de Enfrentamento à Desinformação do TSE, e ordenou a apreensão do celular dele.
Na decisão que instaurou o inquérito, Moraes destacou que o vazamento de mensagens privadas entre servidores do TSE e STF indicam uma possível atuação criminosa para desestabilizar as instituições republicanas.
O procurador-geral da República, Gonet, tem apoiado as medidas de Moraes não apenas em palavras, mas também em ações, não questionando a abertura do inquérito sem consulta prévia, como é de praxe nas investigações conduzidas pelo STF.