O inquérito não cita diretamente o prefeito Nunes, mas solicita informações das pastas envolvidas, chefiadas por Marcos Monteiro e Celso Gonçalves Barbosa, respectivamente. A investigação também requisitou esclarecimentos da empresa contratada, Álya Construtora, anteriormente conhecida como Queiroz Galvão, sobre os contratos e possíveis irregularidades.
A obra do túnel em questão foi iniciada em 2011, durante a gestão de Gilberto Kassab, mas ainda não foi concluída. O custo total do projeto atualmente é de quase R$ 520 milhões, em comparação com os R$ 218 milhões do valor original. A Prefeitura de São Paulo defendeu a relevância da obra afirmando que beneficiará mais de 800 mil pessoas que circulam diariamente na região, melhorando a fluidez do trânsito e interligando diferentes bairros.
No entanto, a intervenção também levanta questionamentos do ponto de vista ambiental, com a derrubada de 172 árvores, sendo 78 delas nativas. Moradores e políticos locais têm se manifestado contra a obra, alegando impactos negativos, como a possível interferência na nascente do córrego Emboaçu. Além disso, há dúvidas sobre a legalidade da licitação e a adequação do complexo viário ao Plano Diretor da cidade.
Diante das controvérsias, o Ministério Público e o Tribunal de Contas do Município estão analisando as representações feitas por parlamentares e moradores locais para investigar possíveis irregularidades e garantir a transparência e legalidade no desenvolvimento desse projeto de infraestrutura na cidade de São Paulo.