O movimento indígena, por outro lado, decidiu se retirar do processo de conciliação, apontando críticas de racismo institucional e inconstitucionalidade. A condução da mesa é feita pelo ministro Gilmar Mendes, e conta com a participação de representantes do governo federal, parlamentares e do agronegócio.
Um dos membros da mesa é um ex-advogado-geral da União da gestão da ex-presidente Dilma Rousseff, também defensor do marco temporal. O processo de conciliação foi instaurado após a aprovação da lei do marco temporal pelo Congresso Nacional.
A discussão no Supremo aborda tanto a constitucionalidade da lei quanto sua defesa. O ministro Gilmar Mendes optou por suspender os atos e criar a mesa de conciliação, mantendo a legislação vigente, o que gerou críticas por parte do movimento indígena.
O marco temporal defendido pelos ruralistas estabelece que apenas as terras ocupadas pelos povos indígenas até a promulgação da Constituição de 1988 devem ser demarcadas como terras indígenas. Juristas e ativistas argumentam que o direito indígena à terra é originário e anterior ao Estado brasileiro.
Durante as negociações, há indícios de que um acordo envolvendo o pagamento de indenização aos proprietários de terras transformadas em território indígena seja estabelecido. Recentemente, o Supremo selou um acordo de indenização para a demarcação de um território guarani kaiowá no Mato Grosso do Sul, onde um indígena foi morto a tiros.
Um dos defensores do marco temporal, Rafael Wedero o Wa Were, indígena xavante e representante do PDT, enfrenta acusações de estupro de vulnerável e maus tratos. Procurado pela imprensa, ele negou as acusações, alegando ser alvo de racismo.
Outro defensor do marco temporal é Rudy Ferraz, diretor jurídico da CNA, que já foi alvo de investigações do Ministério Público Federal em Mato Grosso.
Luis Inácio Adams, ex-Advogado-Geral da União do governo Dilma, também é defensor do marco temporal. Em 2013, publicou uma portaria que ampliava a aplicação do marco temporal para todos os territórios, medida que posteriormente foi derrubada.
O processo de conciliação no STF segue em andamento, com perspectivas de um acordo que concilie os interesses das partes envolvidas. A controvérsia em torno do marco temporal continua a gerar debates e polarização de opiniões no cenário jurídico e político do país.