Sua presença foi fundamental na fundação de São Paulo, onde desempenhou o papel de catequizador, professor de latim, construtor, boticário, poeta e dramaturgo. Além disso, Anchieta mantinha uma relação amistosa com os indígenas, buscando sempre uma forma de diálogo e compreensão entre as diferentes culturas.
O legado deixado por Anchieta foi tão significativo que em 1980 ele foi beatificado, e posteriormente canonizado pelo papa Francisco. A crença em seus milagres, como a capacidade de estar em vários lugares ao mesmo tempo e levitar, aumentou ainda mais sua importância para os fiéis católicos.
Após sua morte em 1597, Anchieta foi enterrado na igreja de São Tiago, no Espírito Santo, mas seus restos mortais foram exumados em 1609 e espalhados pelo Brasil e por outras partes do mundo, como Portugal e Itália. Suas relíquias se tornaram objetos de devoção e milagres, sendo distribuídas entre pessoas seculares e religiosas.
Diversas relíquias oficiais de Anchieta estão espalhadas pelo Brasil, em locais como o Pateo do Collegio e a igreja São José de Anchieta, em São Paulo. Além disso, há relíquias em outros países, como Portugal e Itália, evidenciando a importância e devoção dedicadas a esse santo jesuíta.
A campanha para a beatificação de Anchieta foi iniciada na Bahia, vinte anos após sua morte, mas só foi concluída em 1980. Já a canonização foi mais rápida, devido ao reconhecimento do seu trabalho pioneiro na introdução do cristianismo no Brasil e sua postura conciliadora diante das diferenças culturais.
Dessa forma, a figura do Padre José de Anchieta permanece viva na memória e devoção dos fiéis, sendo um exemplo de dedicação, fé e amor ao próximo para as gerações futuras.