Além disso, as escolas privadas também podem aderir ao programa, desde que manifestem interesse junto ao sistema de saúde local. O relator da proposta, senador Marcelo Castro (MDB-PI), justificou a necessidade desta medida devido à queda na cobertura vacinal infantil no Brasil, que sofreu uma queda de quase 20%, colocando o país entre os 10 com menor cobertura vacinal do mundo, conforme dados do Unicef.
O Programa prevê que as equipes de saúde devem se deslocar até as escolas para vacinar as crianças matriculadas no ensino infantil e fundamental, oferecendo as vacinas adequadas para cada faixa etária. Além disso, as datas das campanhas de vacinação nas escolas devem ser divulgadas previamente.
Outro ponto relevante do Programa é a ampliação da imunização para jovens não matriculados e adultos da comunidade, de acordo com a disponibilidade de vacinas. No entanto, o artigo 4º tem gerado polêmica, pois determina que as escolas enviem uma lista de alunos não vacinados às unidades de saúde e notifiquem os pais para procurarem uma unidade de saúde. Caso não compareçam em até 30 dias, visitas domiciliares podem ser realizadas, o que tem sido criticado por alguns senadores da oposição.
Para evitar a votação de uma emenda que visava excluir o artigo 4º do texto, o líder do governo no Senado, Jaques Wagner (PT-BA), assegurou que o presidente Lula irá vetá-lo. Apesar do acordo, alguns senadores da oposição se manifestaram contra a aprovação do Programa Nacional de Vacinação nas Escolas. No entanto, o relator da emenda que propunha a exclusão do artigo enfatizou a importância de respeitar as diferentes opiniões da população em relação à vacinação, ressaltando que ninguém pode ser obrigado a se vacinar.
