Os agentes da repressão Amador Navarro Parra, Djalma Oliveira da Silva, Luiz Antônio Mariano e Walter Francisco estão entre os denunciados, todos integrantes das equipes policiais envolvidas na ação para eliminar Marighella. A procuradoria ressaltou a participação de outros agentes identificados, embora a maioria já tenha falecido, juntamente com o próprio delegado Fleury.
Além dos policiais, o legista Harry Shiabata também foi denunciado pelo MPF, sob a acusação de ter omitido informações que indicavam a execução de Marighella em seu laudo. Os documentos apresentados à época afirmaram que o guerrilheiro foi morto em um tiroteio, porém evidências apontam que ele foi atingido a queima-roupa, estando desarmado no momento.
O procurador Andrey Borges de Mendonça, autor da denúncia, destacou que a intenção desde o início era matar Marighella, em vez de prendê-lo com vida, demonstrando a perseguição sistemática do Estado brasileiro contra a população civil. Ele ressaltou que tais crimes contra a humanidade não possuem anistia nem prescrição, sendo fundamental investigar e responsabilizar os envolvidos.
O MPF fez referência às condenações anteriores do Brasil pela Corte Interamericana de Direitos Humanos (CIDH) por violações cometidas durante a ditadura militar, enfatizando a necessidade de investigar e punir os responsáveis por assassinatos, torturas e desaparecimentos forçados ocorridos nesse período sombrio da história do país.