O tombamento abrange a gare, o prédio da estação e o prédio da administração, e implica que qualquer restauração ou modificação no local deve ser autorizada pelo Iphan. O pedido de tombamento foi feito inicialmente em 1997 pelo então secretário estadual de Cultura, Marcos Mendonça, sendo concedido o tombamento provisório em 2022 e agora, finalmente, o tombamento definitivo.
A estação Júlio Prestes, projetada pelo arquiteto Christiano Stockler das Neves, tem um valor histórico significativo, sendo considerada um bem cultural de alto valor. A conselheira Nádia Somekh, da Faculdade de Arquitetura e Urbanismo do Mackenzie, destacou um estudo realizado pelo Iphan que ressalta a importância da estação e a necessidade de conservação cuidadosa.
Além de ser um local histórico, a estação Júlio Prestes também abriga a Sala São Paulo, sede da Orquestra Sinfônica do Estado de São Paulo (Osesp) e do Coro da Osesp. No entanto, o entorno do complexo cultural enfrenta o problema da cracolândia, com cerca de mil usuários de drogas vivendo nas proximidades desde a década de 1990.
O tombamento definitivo da estação Júlio Prestes representa uma importante medida de preservação do patrimônio histórico e cultural do Brasil, garantindo a proteção e conservação desse importante marco na cidade de São Paulo.