A cripta abriga os restos mortais de dom Pedro 1º e das imperatrizes d. Leopoldina e d. Amélia. Ambiel, que dedicou seus estudos aos restos mortais da família imperial, afirma que as condições degradadas colocam em risco a preservação dos despojos humanos. A estrutura do monumento da Independência apresenta problemas que vêm desde as décadas de 1970 e 1980, quando a cripta já era frequentemente interditada por infiltrações.
O local onde a cripta foi construída, uma área de aterro do rio, dificulta a manutenção e exige cuidados especiais de conservação. A cripta, de responsabilidade da prefeitura de São Paulo, está temporariamente fechada e, segundo a gestão municipal, o cronograma das obras será ajustado para garantir a finalização dos detalhes finais de acabamento e instalação de novas luminárias até o início de outubro.
As mudanças em curso no local incluem a instalação de sanitários, rampas acessíveis e a correção dos problemas de infiltração. A cripta fica embaixo do monumento à Independência, que começou a ser construído em 1952 e reúne estátuas das principais figuras históricas relacionadas à emancipação brasileira.
Os restos mortais de d. Leopoldina foram os primeiros a serem trazidos para a cripta em 1954 e, posteriormente, os de dom Pedro 1º em 1972. Já os despojos de d. Amélia foram incorporados em 1982, tendo em vista as pequenas dimensões da cripta que resultaram em sua acomodação dentro da parede. A pesquisadora destaca a falta de contexto histórico para a presença de d. Amélia na cripta, uma vez que ela não teve ligação com a independência do Brasil.
Valdirene Ambiel teve a autorização para exumar os vestígios da família imperial em 2013, tornando-se a primeira cientista a realizar um estudo detalhado do conjunto. Suas pesquisas revelaram diversas informações, como a ausência de fratura no fêmur de d. Leopoldina, refutando a teoria de que ela havia sido empurrada por dom Pedro. A pesquisadora também destaca que as condições da cripta ameaçam a conservação dos despojos de d. Amélia, que foram embalsamados novamente após a exumação.
Ambiel, inclusive, investiu recursos próprios e angariou doações para obras de restauro e conservação no espaço dedicado a d. Amélia na cripta. Ela chegou a realizar o monitoramento semanal do estado de conservação da imperatriz, mas foi impedida de continuar a atividade em 2018. A pesquisadora cobra mais transparência nos gastos públicos, nas obras e na gestão do espaço, enfatizando a importância da preservação dos remanescentes humanos dos primeiros imperadores do Brasil. Segundo ela, os restos mortais da família imperial merecem mais respeito.
