Os policiais alegaram em depoimento que houve uma troca de tiros e que estavam autorizados a utilizar um carro particular na ação. No entanto, uma investigação paralela está sendo conduzida pela Delegacia de Homicídios para apurar o homicídio do adolescente. Segundo a denúncia feita na esfera militar, os agentes apresentaram uma arma Glock 9 mm na delegacia, com uma munição, alegando que a arma pertencia a Thiago Flausino. O oficial teria permitido que os agentes operassem de forma irregular, utilizando um carro particular e drones.
Em seu depoimento, os policiais confirmaram o uso do veículo particular, que pertencia a um dos agentes, para realizar filmagens com um drone. Essa ação é considerada ilegal pelo promotor Paulo Roberto Mello da Cunha Júnior. Ele afirmou que a Corregedoria constatou diversas irregularidades e acredita que os PMs tenham alterado artificialmente a cena do crime ao apresentar a arma fraudulentamente.
Testemunhas afirmam que Thiago Flausino e outro jovem estavam em uma moto durante a ação policial. Elas relatam que os agentes atiraram contra o adolescente e que não houve nenhum tiroteio. O jovem foi atingido por três tiros: um nas costas, outro na perna e um terceiro que perfurou suas duas canelas. Infelizmente, ele não resistiu aos ferimentos e faleceu no local.
Inicialmente, a Polícia Militar havia informado que Thiago Flausino morreu em um confronto com os policiais. Nessa versão inicial da PM, os agentes disseram ter trocado tiros com o adolescente e encontrado uma pistola no local. No entanto, as imagens obtidas pela família do garoto contradizem essa versão. Nas gravações, não há indícios de tiroteio. Thiago Flausino é visto pilotando sua moto em uma rua movimentada. Segundo testemunhas, os agentes estavam dentro de um carro descaracterizado, sem nenhum tipo de identificação da PM. O veículo, um C4 Pallas prata, foi capturado pelas imagens seguindo o adolescente.