Desde sua criação, o MST enfrentou diversos desafios e momentos turbulentos, como o massacre de Eldorado do Carajás, em 1996, em que 19 trabalhadores rurais ligados ao movimento foram assassinados por policiais militares durante a desobstrução de uma rodovia. Esse episódio teve repercussão internacional e fortaleceu o nome do movimento.
Ao longo das décadas, o MST participou de diversos eventos e manifestações em defesa da reforma agrária, enfrentando períodos de refluxo e também momentos de recrudescimento da violência. Durante o governo de Jair Bolsonaro, o movimento enfrentou um discurso hostil, que pregava a recepção de invasores de terra à bala.
Durante a pandemia de Covid-19, o MST interrompeu as invasões e iniciou uma campanha nacional de doação de alimentos produzidos nos assentamentos, resultando na doação de mais de 7.000 toneladas de alimentos e 2 milhões de marmitas.
Recentemente, o MST retomou as invasões, que haviam sido interrompidas devido à pandemia, e ocupou mais de 30 imóveis rurais. Esse recrudescimento levou à instalação de uma Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) para investigar as ocupações de terras. Durante a CPI, João Pedro Stedile, uma das lideranças do MST, admitiu que o movimento errou ao ter invadido uma fazenda da Embrapa.
Após 130 dias, a comissão foi encerrada sem a apresentação de um relatório final. No entanto, a história do MST continua sendo marcada por sua luta em prol da reforma agrária e sua atuação em defesa dos trabalhadores rurais no Brasil.
