No entanto, as políticas adotadas pelo presidente despertaram sérias preocupações no que diz respeito aos direitos humanos. Organizações como a Human Rights Watch denunciaram abusos ocorridos durante as operações, apontando detenções arbitrárias, condições precárias em prisões superlotadas e um aumento da militarização da segurança pública.
No mês de maio de 2021, Bukele tomou a decisão de demitir juízes da Suprema Corte e o Procurador-Geral logo após obter a maioria na Assembleia Legislativa. Este movimento foi interpretado como um ataque à independência do sistema judiciário e uma tentativa de concentração de poder, conforme reportagem da Al Jazeera.
É importante ressaltar que Bukele planeja concorrer à reeleição em 2024, apesar das proibições constitucionais. A Suprema Corte, reformulada por ele, decidiu a seu favor, permitindo que concorra novamente. Tal decisão gerou preocupações na comunidade internacional, que receia que o presidente esteja conduzindo o país em direção a um regime autoritário.
Além disso, a controversa adoção do Bitcoin como moeda oficial também despertou debates. Em setembro de 2021, El Salvador se tornou o primeiro país a oficializar o Bitcoin como moeda legal junto ao dólar americano, visando atrair investimentos estrangeiros e facilitar o envio de remessas fundamentais para a economia nacional, segundo informações da Reuters.
No entanto, o impacto econômico dessa medida tem sido questionado, uma vez que a população não aderiu de forma tão expressiva e a volatilidade da criptomoeda gerou incertezas. O Fundo Monetário Internacional e outros organismos internacionais manifestaram preocupações com os potenciais riscos que essa política pode representar para a estabilidade financeira de El Salvador.