Segundo os trabalhadores, as regras do edital ferem direitos dos trabalhadores e o governo não apresentou estudos e justificativas necessárias para o modelo de concessão escolhido. A Secretaria de Parcerias e Investimentos (SPI), responsável pelo projeto, afirmou que irá recorrer da decisão judicial, alegando que a decisão foi tomada sem análise do contraditório. O Trem Intercidades é um projeto de destaque do governador Tarcísio de Freitas e faz parte do plano de transporte do governo estadual, que tem como prioridade a expansão de serviços de transporte de passageiros em ferrovias.
O leilão do projeto foi vencido pelo consórcio C2 Mobilidade Sobre Trilhos, formado pela Comporte, empresa brasileira ligada à família Constantino, fundadora da Gol, e pela gigante chinesa CRRC, a maior fabricante de suprimentos ferroviários do mundo. O consórcio ofereceu um desconto significativo no valor da concessão, que terá duração de 30 anos e engloba a operação de três serviços diferentes, o que gerou críticas por parte do sindicato dos ferroviários.
O sindicato aponta que a concessão para vários serviços em um único contrato prejudica a concorrência e defende a separação dos serviços em lotes. Além disso, questiona a falta de um Estudo Técnico Preliminar no edital e a ausência de informações sobre o valor máximo que o governo irá pagar à concessionária, entre outras irregularidades apontadas. A entidade ainda destaca a falta de consideração em relação às potenciais mudanças no quadro de colaboradores que trabalharão nas linhas de trem metropolitanos do Estado de São Paulo, o que gera preocupação entre os trabalhadores. A decisão da Justiça evidencia a importância de garantir a transparência e a legalidade nas concessões de transporte público, visando a proteção dos direitos dos trabalhadores e o interesse público.