Os críticos da Justiça Militar argumentam que o baixo número de processos julgados pelo STM é motivo suficiente para a extinção do tribunal. Essa discussão já perdura por mais de duas décadas e foi ressuscitada após os ataques às sedes dos três Poderes em janeiro de 2023.
Por outro lado, os defensores do STM ressaltam a necessidade de um órgão especializado para lidar com casos relacionados aos valores das Forças Armadas. Além disso, pleiteiam maior influência no Conselho Nacional de Justiça (CNJ), visto que a Justiça Militar ainda não tem representação no órgão.
Em comparação com outras cortes superiores, o STM apresenta números bastante inferiores em termos de produtividade. Enquanto o tribunal julgou apenas 842 processos em 2023, o Superior Tribunal de Justiça, o Tribunal Superior do Trabalho e o Tribunal Superior Eleitoral tiveram números muito mais expressivos.
A pesquisadora Maria Celina D’Araujo destaca que a estrutura do STM é excessivamente grande para o número limitado de casos que julga, muitos dos quais relacionados a uso de entorpecentes em ambientes militares. Para ela, os casos poderiam ser perfeitamente resolvidos pelas varas da Justiça comum.
Em meio a essas críticas, o STM continua a julgar casos de grande repercussão, como o julgamento dos militares envolvidos na morte do músico Evaldo Rosa em 2019. O tribunal tem sido acusado de corporativismo ao reduzir penas de oficiais envolvidos em crimes contra civis.
A discussão sobre a eficácia e a necessidade da Justiça Militar continua em pauta, com opiniões divergentes sobre a continuidade do STM e sua atuação em um contexto democrático. É certo que o tribunal terá que enfrentar desafios e críticas contínuas sobre sua relevância e eficiência.