Araújo enfrentou grandes obstáculos nessa empreitada, visitando 11 ou 12 hospitais para negociar a implementação do programa, pois enfrentava resistência por parte dos profissionais de saúde. Em um desses hospitais, o Maternidade Vila Nova Cachoeirinha, ela chegou a ser acusada de mentir e de querer realizar abortos ilegais.
Foi somente no Hospital Municipal Dr. Arthur Ribeiro de Saboya, conhecido como Hospital Jabaquara, que Maria José Araújo encontrou uma equipe sensível à causa do aborto legal. O processo de criação do programa levou cerca de seis meses e envolveu a formação de profissionais de saúde e funcionários das áreas administrativa e jurídica do hospital.
No entanto, décadas depois da implementação desse programa pioneiro, a médica e o chefe da equipe, Jorge Andalaft Neto, foram citados de maneira controversa em um projeto de lei que busca equiparar o aborto ao crime de homicídio simples, caso seja realizado após as 22 semanas de gravidez. Araújo afirma que as informações contidas nesse projeto são inverdades e distorções da história.
Recentemente, a prática da assistolia fetal, recomendada pela OMS para casos de aborto legal acima de 20 semanas, foi proibida pelo Conselho Federal de Medicina, causando polêmica e motivando discussões sobre o tema. Araújo critica a proibição, argumentando que fere o princípio da beneficência do Código de Ética Médica.
Maria José Araújo é uma figura importante na luta pelos direitos das mulheres e pela garantia do acesso ao aborto legal no Brasil. Mesmo enfrentando ameaças e agressões, ela permanece firme em sua defesa da saúde e dos direitos reprodutivos das mulheres. Em um cenário de aumento do conservadorismo, Araújo destaca a importância de manter-se ativa na luta por direitos iguais e pela autonomia das mulheres.