Em dezembro de 2021, o ministro Dias Toffoli suspendeu o pagamento da multa da leniência da J&F, alegando suspeitas contra a Transparência internacional. No último dia 5, Toffoli autorizou que a ONG seja investigada por supostamente se apropriar indevidamente de recursos públicos da leniência.
A Transparência Internacional negou as acusações, alegando que não recebeu nem administrou recursos da multa da J&F, uma posição que foi respaldada pela Procuradoria-Geral da República (PGR).
A J&F alegou que a participação da Transparência Internacional estava indo além do aconselhamento, tornando-se uma imposição do modelo de governança proposto pela empresa. Por outro lado, o Ministério Público e a Transparência acusaram a J&F de indisposição e inércia em cumprir os compromissos acordados.
O memorando assinado entre a J&F, o Ministério Público Federal e a Transparência Internacional determinava que a ONG opinasse sobre os programas sociais escolhidos pela empresa, sem receber remuneração. No entanto, divergências surgiram quando a ONG impôs restrições para submeter projetos para financiamento.
A relação entre as partes se desgastou ainda mais quando o Ministério Público expediu um ofício para a J&F, estabelecendo que a empresa deveria seguir as melhores práticas de governança e controle recomendadas pela Transparência Internacional na execução dos projetos sociais.
Diante desse cenário conturbado, a J&F buscou negociar um desconto na multa por meio de uma negociação com a cúpula da PGR, que permaneceu inerte quanto à obrigação de execução dos projetos sociais. A relação entre a J&F e a Transparência Internacional, que começou de forma amistosa, agora se encontra em um impasse que aguarda uma resolução por parte do STF.