Em julho de 2023, Bruno Vagaes foi afastado por ordem do Conselho Nacional do Ministério Público até a conclusão de processos disciplinares instaurados na Corregedoria-Geral do Ministério Público do Paraná. O Conselhão determinou que o órgão estadual fornecesse informações sobre os julgamentos em andamento envolvendo Vagaes.
O promotor havia sido punido anteriormente pelo Conselho Superior do Ministério Público do Paraná devido ao descumprimento das medidas protetivas entre março e abril de 2020. Neste período, sua ex-mulher o acusou de agressões físicas, verbais, psicológicas e sexuais. Atualmente, ela reside no exterior.
A punição imposta a Vagaes é considerada uma das mais graves que um integrante do Ministério Público pode receber, implicando no afastamento com vencimentos proporcionais. O promotor recorreu duas vezes da decisão, porém seus pedidos foram negados tanto pelo Conselho Superior quanto pelo Colégio de Procuradores do MP do Paraná.
A suspensão da punição se deu após o desembargador Paulo Cezar Bellio considerar a possível ilegalidade da decisão devido à participação de um procurador que havia se declarado suspeito. A defesa de Vagaes alega que, caso o voto deste procurador seja anulado, o placar da votação seria diferente e a punição poderia ser revertida. Ainda aguarda-se o julgamento do mandado de segurança impetrado pelo promotor para uma definição final sobre o caso.
A reportagem tentou contato com a defesa de Bruno Vagaes, mas até o momento não obteve resposta. O espaço permanece aberto para manifestações.