As prisões e deportações marcaram a trajetória de Haniyeh. Ele foi preso em 1988 por seis meses, e novamente em 1989 por três anos, devido à sua participação na Primeira Intifada. Após ser libertado, foi deportado para o Líbano, retornando apenas em 1993 com o Acordo de Paz de Oslo.
A relação com o sheik Ahmad Yassin, fundador do Hamas, foi crucial para a ascensão de Haniyeh na organização. Após o retorno do exílio, ele se tornou assistente de Yassin, o que o aproximou da liderança do grupo extremista.
Um acontecimento marcante na vida de Haniyeh foi a fuga de um ataque em 2003, momentos antes de um bombardeio israelense atingir o prédio em que estava. A morte de Yassin, que escapou do ataque, potencializou a exposição midiática de Haniyeh, contribuindo para sua construção de imagem como líder.
Em 2006, o Hamas venceu as eleições do Conselho Legislativo Palestino, resultando na nomeação de Haniyeh como primeiro-ministro do país. No entanto, seu mandato democrático foi interrompido em 2007, quando foi demitido do cargo devido à pressão internacional, desencadeando uma crise que resultou na tomada de poder do Hamas em Gaza.
Desde então, a região não viu mais eleições democráticas, com o controle do Hamas sobre Gaza se mantendo firme. Ismail Haniyeh permanece como uma figura de destaque no cenário político palestino, liderando o grupo extremista Hamas.